Талантливый педагог - Матвеенко А.И. внес заметный вклад в развитие образовательной и научной деятельности института, проявил яркие организаторские способности при создании в МАРХИ вечернего факультета. На вечернем факультете МАРХИ проводится обучение по специальностям «Архитектура», «Дизайн архитектурной среды», «Проектирование зданий», благодаря чему тысячи студентов без отрыва от работы стали высококвалифицированными архитекторами, дизайнерами, инженерами-проектировщиками, успешно занимаются профессиональной деятельностью в России и за рубежом.
В области исследования процессов типологического развития архитектуры общественных зданий и сооружений Матвеенко А.И. является ведущим специалистом МАРХИ по созданию крупных общественно-торговых комплексов в условиях использования подземного пространства. Он - автор более 100 научных трудов и исследовательских работ, соавтор учебника «Архитектурное проектирование общественных зданий и сооружений», изданного в 1985 г. под общей редакцией И.Е.Рожина и А.И.Урбаха. Анатолием Ивановичем издан ряд учебных и методических пособий, среди которых «Архитектурные конструкции гражданских и промышленных зданий», «Учебное архитектурное проектирование в системе комплексного инженерного обеспечения», «Учебные задания по проектированию общественно-торговых комплексов (центров)».
Научно-педагогическую деятельность Матвеенко А.И. успешно сочетает с архитектурной практикой. Он является автором 70 архитектурных проектов (25 из них реализованы). Его творческие выставки неоднократно проходили в России и за рубежом.
Большим уважением и искренней любовью заслуженно пользуется Анатолий Иванович в коллективе Московского архитектурного института. Его педагогическая деятельность в МАРХИ нашла высокую оценку и неоднократно отмечалась министерством образования РФ, в 2011 году он удостоен государственной награды: указом президента РФ ему присвоено звание «Заслуженный работник высшей школы Российской Федерации».